W pracy z uczniami terapia kognitywna koncentruje się przede wszystkim na kształtowaniu i rozwijaniu kompetencji samodzielnego uczenia się oraz na eliminowaniu deficytów poznawczych ujawniających się w przebiegu większości zaburzeń neurorozwojowych (w tym specyficznych zaburzeń uczenia się) poprzez kształtowanie nowych strategii poznawczych. Terapeuta w pracy z uczniem stosując techniki mediacyjne tworzy i wzmacnia poznawcze strategie i umiejętności swojego podopiecznego, w taki sposób aby ten mógł wykorzystać je w pracy nad problemami i zagadnieniami typowo szkolnymi, ale też w sytuacjach dnia codziennego. Jednym z najszybciej ujawniających się efektów terapii kognitywnej jest wzrost samodzielności ucznia w myśleniu, zwiększenie aktywności podczas lekcji, poprawa koncentracji uwagi oraz wzrost ciekawości poznawczej. W dłuższej perspektywie czasowej terapia kognitywna skutkuje utrwaleniem prawidłowych strategii poznawczych umożliwiających efektywne rozwiązywanie różnego typu problemów poznawczych, również tych zupełnie nowych, wcześniej niećwiczonych. Standardowy cykl spotkań terapeutycznych obejmuje średnio, w zależności od głębokości problemu, od jednego do dwóch semestrów cotygodniowych spotkań. Jedno spotkanie trwa zwykle sześćdziesiąt minut i prowadzone jest albo na terenie szkoły (jeśli szkoła zatrudnia terapeutów kognitywnych) albo poza nią (w poradni, gabinecie terapeutycznym, bądź bezpośrednio w domu ucznia). 

​